Можно ли восстановить реальные фазы сна после изменения времени пробуждения?

Нет, восстановить реальные фазы сна для добавленного вручную периода нельзя. 

Garmin прямо указывает что ручное добавление времени сна создаёт только длительность сна и не генерирует данные о фазах сна. 

При редактировании уже записанного времени Garmin изменяет временные границы сна, но не восстанавливает данные о фазах за добавленный период. Garmin Поэтому если после изменения времени пробуждения весь добавленный период отображается как лёгкий сон, вернуть исходное распределение фаз через Garmin Connect нельзя. 
Фазы сна рассчитываются по данным, полученным часами во время сна, в первую очередь по данным оптического датчика пульса. Поэтому не рекомендуем исправлять данные сна вручную без необходимости. 

Изменение времени может исказить общую картину аналитики сна, а добавленный период не даст новых данных для показателей, которые рассчитываются на основе фактически собранных с часов данных во время сна. 

Лучше контролировать сам процесс: стараться спать непрерывно и не делать длительных перерывов. Если нужно ненадолго встать ночью, постарайтесь вернуться в кровать без продолжительного бодрствования — так часы точнее определят весь период сна и его фазы.