Откуда берется расхождение в темпе и времени тренировки между часами и приложением Strava?

Это абсолютно стандартное поведение платформы Strava, с вашими часами все в порядке. 

Расхождение берется из-за принципиальной разницы в алгоритмах подсчета времени. Часы показывают вам «общее время» от нажатия кнопки старта до финального стопа, учитывая все заминки на светофорах, завязывание шнурков или глотки воды.
Strava же принудительно пропускает загруженный GPS-трек через свой алгоритм и высчитывает «чистое время движения».

Если скорость на каком-то метре дистанции упала почти до нуля, сервис автоматически вырезает эти секунды из общего времени тренировки. 
В вашем случае Strava насчитала 3 минуты скрытых пауз, вычла их из общего времени, из-за чего итоговый средний темп математически уменьшился с 6:10 до 6:01 мин/км. 
Чтобы данные на часах и на сайте всегда совпадали до секунды, переключите в настройках этой конкретной тренировки на сайте Strava тип отображения времени с «Время в движении» на «Общее время».