Восстановит ли Garmin Express часы после удаления папки GARMIN?

Нет, рассчитывать на то, что Garmin Express после подключения просто скачает заново всё содержимое папки GARMIN, нельзя. 

В ней находятся разные типы данных: системные файлы, настройки, карты, приложения, активности и другие данные, и Garmin Express не является полной резервной копией файловой системы часов.

После удаления отдельных файлов часы могут создать часть служебных данных снова, а некоторые компоненты можно повторно установить или обновить через Garmin Express. 

Но удаление всей папки GARMIN может привести к потере данных и проблемам в работе устройства.
Поэтому вручную очищать эту папку без четкого понимания назначения файлов не рекомендую. Если содержимое уже удалено и часы работают неправильно, лучше обращаться в поддержку Garmin, а не продолжать удалять или копировать системные файлы.