Нет, часы не завершают активность из-за потери GPS. Но если включена авто-пауза, она может сработать при нулевой скорости. Отключите авто-паузу, чтобы избежать этого.
GPS на круговых трассах даёт ошибки из-за маленькой площади покрытия активности. Используйте режим «Track Run» (забег по стадиону), который калибруется по разметке и даёт точный темп.